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鲸鱼虽然生活在大海里，但也同其他哺乳动物一样，用肺进行呼吸，鲸鱼的肺容量很大，使它呼吸的次数大大减少，大约每隔10～15分钟才露出水面呼吸一次。呼吸时先将肺内的二氧化碳等废气从鼻孔逐出体外，然后再吸进新鲜氧气。

每当它的头部露出水面呼吸时，先将体内的二氧化碳等废气逐出体外，这股强有力的灼热气流冲出鼻孔时，喷射的高度可达10米左右，并把附近的海水也一起卷出海面，使蓝色的海面上出现了一股蔚为壮观的水柱。

鲸的表皮下有着极厚的脂肪层，那就是所谓的鲸油，它可以使鲸体保持温暖，而且也能贮存能量以供应不时之需。由于鲸鱼体内拥有许多特殊的构造，使它能够长时间的在水中屏住呼吸、减慢心跳速度，因此当它沉到海底，总要经过一段长时间后，才会再浮出水面。除了具有贮存氧气的构造外，当身体某个部位需要大量的血液供应时，体内还会有集中供应的特殊机能。